2010 berief Tebartz-van Elst einen „Vermögensverwaltungsrat des Bischöflichen Stuhls“, der Vermögenswerte, Erträge und Ausgaben zur Finanzierung des Bauprojekts intern kontrollieren, aber nicht veröffentlichen durfte. Diesem wurde 2011 das 2009 von KPMG ermitteltes Gesamtkostenvolumen von 17 Mio. € vorgelegt. Die Summe war in zehn Einzelprojekte von jeweils unter fünf Mio. Euro gestückelt worden, was zur Folge hatte das keines davon dem Vatikan angezeigt werden musste. Die Kostenabweichung sollte vom „Bischöflichen Stuhl“, einer 1827 gegründeten Stiftung für den Unterhalt der Limburger Bischöfe mit Immobilienbesitz getragen werden. Das Bistum verwies Kritiker an den Vermögensverwaltungsrat, der Bischof könne nicht frei über das Vermögen des Bischofsstuhls verfügen.
Die zunehmend von Kritik begleitete Baustelle wurde durch einen Sicherheitsdienst vor der Öffentlichkeit abgeschirmt. Das Bistum nannte das Bauprojekt nun, da es nicht nur als Bischofsresidenz diene „Diözesanes Zentrum Sankt Nikolaus“. Bei der Eröffnung des Diözesanzentrums 2013 gab das Bistum Gesamtkosten von 9,85 Mio. € bekannt, ohne die Kostensteigerung zu erklären. Im gleichen Jahr korrigierte der Vermögensverwaltungsrat, man habe bei einer „verwaltungsinternen Kostenrechnung“ bisherige Gesamtkosten des Gebäudekomplexes von mindestens 31 Mio. € festgestellt.
Daraufhin erklärte der verantwortliche Architekt Michael Frielinghaus: Die 2010 vom Bischöflichen Stuhl genannte Bausumme von 5,5 Mio. € habe deutlich unter der allen am Projekt beteiligten Planern bekannten Summe gelegen. Der Bischof habe die tatsächlichen Kosten von Beginn an gekannt; ihre ungefähre Höhe habe nie außer Frage gestanden. „Es gab also keine Kostenexplosion. Der Bau verlief planmäßig, es gab kaum Überraschungen.“
Tatsächlich erhielt das Bistum für die Summe von 31 Mio. € einen realen Gegenwert, denn das Diözesane Zentrum Sankt Nikolaus wurde von der Architekturkritik positiv bewertet. Problematisch war vor allem der intransparente Umgang des Bischofs mit dem Projekt, der vor dem Hintergrund des grundsätzlichen Konfliktes zwischen dem konservativen Bischof und den reformorientierten Gemeinden des Bistums verständlich wird.
Franz-Peter Tebartz-van Elst ist ein konservativer Kleriker der zu unzeitgemäßen Ansichten zu Themen wie Homosexualität, Schwangerschaft und Islam steht, und sich in einen autokratisch und kulturkämpferisch geführten Konflikt mit Mitarbeitern und Gemeinden des Bistums begeben hat. Das Residenzprojekt wurde begleitet von weiteren Affären um Abberufungen und Kündigungen unliebsamer Mitarbeiter. 2012 flog Franz-Peter Tebartz-van Elst 1. Klasse zu einem Besuch von CARITAS-Projekten in Indien, was von der liberalen Presse kritisch hinterfragt, von ihm jedoch geleugnet wurde. Seine juristischen Auseinandersetzungen hatten einen Strafbefehl wegen falscher Versicherung an Eides statt in zwei Fällen zur Folge. Die Aufklärung der Affären fiel zeitlich zusammen mit der Fertigstellung der Bauprojekte und der Veröffentlichung deren tatsächlichen Kosten durch den von ihm Vermögensverwaltungsrat. Dessen Mitglied Jochen Riebel (CDU) nannte verlorene bauliche Planungen, Änderungs- und Zusatzwünsche des Bischofs als Ursachen der Kostensteigerung.
Der Fall erlangte international mediale Aufmerksamkeit und führte in Deutschland zu einem signifikanten Anstieg von Austritten aus der katholischen Kirche, der von Statistikern als Tebartz-van Elst-Effekt bezeichnet wird. Der Heilige Stuhl entband den Bischof am 23. Oktober 2013 von seinen Pflichten.
Eine Prüfungskommission der Deutschen Bischofskonferenz kam zu dem Schluss, dass die Gesamtkosten von rund 31,5 Mio. € vorwiegend auf die Wünsche und Aufträge des Bischofs zurück gingen und das hierzu, ebenfalls auf dessen Wunsch, bis zum 28. Juni 2013 falsche Zahlen veröffentlicht wurden. In seiner Replik auf diesen Bericht schob Tebartz-van Elst die Verantwortung dafür, dem ihm loyal ergebenen Generalvikar Franz Kaspar zu.
Die Verwendung des Residenzbaues nach der Abberufung des Bischofs ist unklar. Sein Nachfolger Georg Bätzing verzichtete auf die Nutzung des symbolträchtigen Objektes, das bislang ausschließlich als touristische Attraktion dient. Kritiker erinnern daran, dass der Vorgänger von Tebartz-van Elst, Bischof Franz Kamphaus in der Räumlichkeit eine Flüchtlingsfamilie aus Eritrea unterbrachte ..
